Die Zeichentrickserie erzählt vom Leben des kleinen, musikalischen Amadeus Mozart, der witzig, aufgeweckt, neugierig, etwas frech und abenteuerlustig ist. Vor allem aber ist Little Amadeus ein musikalisches Wunderkind, der sein erstes Klavierstück bereits im Alter von fünf Jahren komponierte. Der Held löst seine Probleme oft durch Musizieren.